Oi Rush, tudo bem?
Você não concorda com razão, porque você está falando de linkar com o Select And Link, que não é a forma mais adequada de linkar Bones com os objetos.
Com o Select And Link o objeto não vai "pular" para se alinhar com o Bone, mas se usar o Link XForm para fazer isso, a esfera vai pular na base no topo do Bone linkado, porque ele alinha o objeto.
Sobre o ponto Pivot dos Bones nas juntas, eu nunca precisei modificar com Snap, porque eles ficam no lugar certo por padrão.
Faz um teste ai com o Linked X Form, ele fica no Modify, testa com o Bone Pai e com o Filho para ver a diferença.
Mas tenho uma ratificação a fazer, quando falei para linkar no Bone filho, não está certo, o certo é no Bone Pai.
Abaços