OI Flávio, tudo bem?
É isso mesmo, quando disse uma imagem por face, era em relação aos pixels, os pixels da imagem não podem se repetir em outras faces, como a gente faz normalmente em texturização convencional.
Com o UnWrap em tudo e abrindo todas as malhas, vai ficar perfeito.
Pela imagem que mostrou eu sou capaz de apostar que é o tamanho dos Bake.
Porque você está vendo os pixels quadrados, concorda?
Eles são pretos, porque?
Porque o fundo do render é preto.
Como a imagem está em baixa resolução, está vendo o fundo preto na borda.
Poderia editar a imagem no PhotoShop para resolver o problema, mas é trabalhoso.
Acho que aumentando o tamanho da imagem de bake, resolveria.
Se está dando pau, pode ser memória, tenta fazer um objeto por vez.
Abraços