Oi gente, tudo bem?
Nem precisa do Sim Cloth para fazer tudo junto, não é bom usar plug-ins se o programa oferece o mesmo recurso, ainda mais no caso do SimCloth, pois o recurso que o programa oferece é muito superior.
Você pode fazer tudo junto com o Reactor Cloth e com o modify Cloth, mas é pior fazer tudo junto numa animação de personagens, ainda mais se o Rig interagir com a parte que vai simular, pois ficará muito mais pesado e chato de animar.
Fazendo separado é mais fácil e evita problemas, é da mesma forma que se faz com roupas, com cabelos, com softbodies, com qualquer coisa simulada dinamicamente na animação, isso sempre é feito por último.
Quanto ao problema de soldar a orelha depois, você pode fazer de outra forma então, bem mais simples, é que usando o modify vertex weld fica mais limpo e bonito no Edit Stack.
Faz um teste ai que agora você vai conseguir com certeza, depois de tudo você aplica o Edit Mesh ou o Edit Poly, dependendo do formato da sua malha, é melhor que seja Edit Mesh. É melhor converter em Mesh depois que terminar a modelagem.
Então, aplica o Edit Mesh por cima de tudo, usa o Attach dele para anexar a orelha novamente e aplica o Weld dele mesmo no Sub-Object Vertex, vai dar certo também, só tem que lembrar que o Edit Mesh está ali para isso.
Abraços