Oi Abaiao, tudo bem?
Para compor animação não é adequado usar editores de vídeo, porque são muito mais limitados.
Vai poder colocar um Layer sobre o outro, mas não poderá fazer muito mais do que isso.
O editor de vídeo é apenas para editar, cortar o que não precisa, colocar legenda, tarjas, abertura, áudio, sonoplastia, essas coisas, é para juntar tudo que foi feito para o vídeo, não é para compor.
Neste caso é melhor usar um compositor de vídeo, os mais comuns são Combustion e After Effects.
Nestes programas você vai poder compor numa boa como um PhotoShop para vídeo.
Existem outros muito mais poderosos, como Fusion, Nuke, Shake, Smoke, entre outros.
Depois que sai do compositor vai para o editor, neste caso o Final Cut é ótimo.
Abraços