Oi vbricio, o codec depende do que vai fazer com o vídeo.
Se for passar na internet, é melhor o Divx, que fica bom e leve, mas tem que configurar ele pra ficar como vc quer, ele aceita configurar pra ficar bem leve e com menos qualidade, ou pra ficar mais pesado e com mais qualidade.
Tem o Xvid que é bom também.
Se for pra passar dentro de sites, é melhor importar o AVI no Flash e exportar como Flash vídeo.
Se for passar em TV não usa compressão, a não ser a da placa de vídeo profissional que será dedicada ao soft de edição.
Sobre os Channels, é que o RAM Player serve também pra comparar imagens, por isso tem dois canais.
Abre no A e faz o que precisar como se não tivesse o B
Sobre as imagens, se não abriu todas é porque não tem todas ou a numeração está errada ou interrompida