Clica com o botão direito sobre o objeto e vai em Properties.
Aciona "See-Throgh"
E tira "Backface cull"
E dá uma bela de uma rotacionada de 360 graus no seu objeto, que vai ficar mais fácil achar a área com erro, que estará provavelmente de outra cor. (ficará de outra cor quando os problemas forem, normal pra dentro, face sobre face.. e dupla face sobre uma região).
O seu erro é muito comum no primeiro objeto complexo que agente modela, fazendo o que eu disse acima, você vai identificar facinho as áreas que têm problemas, por que vão tar com cores diferentes, quando você detectar elas, deleta todas as faces, inclusive as de volta. e com a ferramenta "Create" reconstrua toda a região, as faces novas vao tar diferente provavelmente. Então selecione todo o objeto e em Face clique no botão "Auto Smooth". Se ainda as faces novas tiverem problemas de serem diferentes, Acione a opção "Show Normals" e veja se a linha que sai da face problemática, quando você seleciona ela, tá indo na mesma direção que as outras faces, caso não esteja, selecione essa face e clique em "Normals -> Flip". Que é quase certo que resolverá o problema.