ai marcioul, com GI na cena o teto nunca vai ficar da mesma cor da parede, é impossível inclusive na vida real.
porque a luz bate no piso e reflete diretamente no teto, mesclando um pouco com a cor do piso.
se deixar o teto da mesma cor da parede, perde realismo e fica feio.
Tira uma foto de um ambiente assim, abre no PhotoShop e pega a cor do teto com o conta gotas, também vai estar diferente da parede e vai ter um pouco da cor do piso.
se a cena está só com Photons, sem FG, então, os Photons estão com a configuração muito errada, a não ser que vá usar apenas Photon sem FG, neste caso está certo, é só aumentar os Samples dos Photons que as manchas somem.