acho que vc vai precisar de colocar as paredes 2d no layer PAREDES ou pelo menos no mesmo layer que estão as janelas (conforme a última imagem que vc mostrou aí).
inserindo um objeto em um layer (no próprio curso já ensina isso, mas vou postar aqui)
1º- selecione o objeto (no caso a parede 2d) que quer mudar de layer (ou inserir em um layer);
2º- selecione o layer (layer PAREDES) em que será inserido o objeto (parede 2d) na janela LAYER;
3º- clique no sinal "+" (mais) da janela LAYER. Assim o objeto foi inserido no layer desejado.
obs: pode ter ocorrido da parede 2d ter ficado no layer correto e os objetos 3d ter ficado no mesmo layer do da parede 2d, aí, de vez, mudar as paredes 2d de layer, mude todos os objetos 3d da cena para o layer DEFAULT, pois o correto é isso: que todos os objetos 3d de uma cena fiquem no layer default. Pode ter ocorrido de vc ter selecionado um outro layer dos objetos 2d e ter esquecido de voltar para o layer default na hora de criar os objetos 3d.