Oi Jéssica, tudo bem?
Qual versão do Unreal você está usando?
Eu não tenho feito Bake nas últimas versões, pois praticamente só trabalho com o Lumen, e a Epic não tem dado muita atenção para o Bake ultimamente, então, vou fazer o Bake desta cena para ver se também aparece o problema nas sarjetas e dai te falo o que aconteceu.
Agora, você pode tentar duas coisas para ver se resolve, uma é aplicar material com a opção Two Sided e a outra é habilitar a opção Reverse Culling, que fica no painel Detail com o objeto selecionado, dentro do menu Lighting > Advanced.
Sobre as plantas que ficaram pretas, elas foram feitas com Planes e possuem efeito de World Position Offset para balançarem com o vento, então, precisa deixar elas fora do Bake, marcando todas como Movable.
Abração e tudo de bom.
André Vieira