Ai Antônio, não pode voltar pra editar a malha, por isso que pra animar bem tem que saber modelar certo pra animação.
Por isso também que nunca sai bom o primeiro personagem, tem que fazer vários, só quando tiver experiência que vai saber todos os problemas e já vai modelar diferente pra não passar por eles.
Se não tiver vértices onde precisa, vai dar problema depois e pra voltar atrás tem que fazer tudo de novo.
Depois de colocar o skin até pode adicionar mais bones nele, mas não está certo fazer assim.
Porque pra fazer uma boa estrutura de bone dá trabalho e tem que testar as interações.
Só fazer os bones é fácil, mas em cima deles tem o rig pra movimentar os bones igual uma marionete.
Tem que testar o rig pra ver se funciona direito, só depois de tudo pronto que coloca o skin, porque pra voltar atrás perde tudo.
O problema das dobras vc resolve com o ajuste fino dos vértices no weight table e se não tiver jeito, ai tem que colocar deformers pra morphar a malha e deformar como vc quiser
Tem o angle, o bulge e o morph deformer no skin, tem também o skin morph pra deformações mais complexas, ai é outro modificador