Se for certeza absoluta que não tem materiais incompatíveis, o que é bem provável pelo tipo de erro, ai é mapa de FG menor do que a resolução da imagem ou falta de memória para o render.
Se tiver materiais compatíveis com composições incompatíveis dá este problema.
Mesmo que use um material standard, se compor com mapas de forma que o Mental Ray não aceite, ele não dá pau e fecha na cara, ele renderiza mas mostra estas manchas pretas.
Se gravou o mapa de Final Gather e depois renderizou em resolução maior, também aparece estes quadrados pretos, porque não calculou todos os os pixels da cena
Se não tem memória e está renderizando muito grande, também não fecha na cara como outros renders, mas aparece estes quadrados pretos.
Quando renderiza só com material cinza não aparece, é mais provável que o problema está nos materiais.