Oi Vander, tudo bem?
Quando falei de arquivos gigantes, não é na geometria da cena, mas no tamanho em MB que o arquivo ocupa na HD, pois quando está dando o problema de Note Tracks e tal, mesmo um arquivo com apenas uma esfera na cena ocupa dezenas de MBs na HD.
Então, se ver que está demorando para salvar e os arquivos estão ficando com tamanho fora do normal em MB na HD, pode ter certeza que é este problema de Note Tracks e Animation Layers.
Mas se você formatou e tudo voltou ao normal, é mais provável que fosse algum problema no Windows, fragmentação de disco, espaço para o Swap e coisas deste tipo.
OBS: Se tiver espaço na sua HD, crie uma imagem do seu sistema agora que formatou tudo e está com o PC 100%.
Assim, qualquer problema que tiver é só recuperar a imagem do sistema e em menos de 15 minutos tudo voltará como se tivesse acabado de formatar.
O melhor de tudo é que nunca mais vai ter que instalar os programas e configurar da forma que gosta.
O lance de criar a imagem do sistema fica no Control Panel > System And Security > Backup And Restore > Create a System Image.
Abração e tudo de bom.
André Vieira