Oi pcmaniero, tudo bem?
Se os materiais estiverem em arquivos MAT, que é a extensão da biblioteca de materiais do 3ds max, você pode abrir cada um deles e copiar os materiais para uma biblioteca temporária, uma biblioteca existente ou uma nova, no final você salva a biblioteca com todos os materiais que copiou.
Antigamente tinha a opção de Merge de bibliotecas, mas não tem mais depois que mudaram para este novo Material/Map Browser a partir do Max 2011.
Para copiar um material para uma biblioteca é só clicar com o botão direito em cima dele e escolher a opção Copy to, como mostra a primeira imagem em anexo, se tiver outras bibliotecas abertas elas aparecem nesta lista e poderá copiar para elas.
Então, se criar uma biblioteca vazia, é só copiar tudo para ela e salvar no final. Se não fechar a biblioteca, ela sempre vai abrir junto com o Max e estará disponível sem ter que carregar novamente.
A outra opção é criar diversas esferas na cena e aplicar os materiais nestas esferas, assim, poderá gravar todos os materiais aplicados na cena como uma nova biblioteca.
Para fazer isso precisa clicar com o botão direito no menu Scene Materials do Material/Map Browser e escolher a opção Save As New Material Library, como mostra a segunda imagem em anexo.
Porém, pelo menos até o Max 2016 que conheço bem, não é possível criar pastas dentro das bibliotecas para organizar melhor os materiais, então, pode ser melhor criar várias bibliotecas.
Por exemplo, criar uma para metais, outra para vidros, outra para madeiras, etc., assim, deixando todas abertas vai funcionar como pastas e você ainda pode trocar a cor do menu para facilitar a localização, como mostra a última imagem em anexo.
As opções para abrir e criar nova biblioteca estão no menu que aparece na setinha preta no canto superior esquerdo do Material/Map Browser.
A opção para trocar de cor aparece quando clica com o botão direito em cima do menu com o nome da biblioteca.
Abração e tudo de bom.
André Vieira