Oi Marcelo, tudo bem?
O SP tem um sistema meio chato de arquivar os mapas de Bake gerados no programa, eles ficam dentro do arquivo SPP, então, dependendo de quantos Texture Sets tiver e quantos Bakes mandar fazer, o arquivo ficará gigante!!!
Eu não achei uma forma de separar e deixar apenas referenciado igual acontece no Substance Designer, então, precisa tomar cuidado.
Agora, se você quer ter vários Texture Sets pode fazer isso aplicando Material ID nos Elements do mesmo Mesh, sem ter que separar nada, mas todos terão que estar no mesmo UV e cada Element vai ocupar apenas uma pequena parte do UV.
O problema é quando quer apenas um Texture Set, mas também quer o Color ID nas faces para poder aplicar os materiais facilmente sem ter que ficar selecionando face por face no SP, dai não pode aplicar Material ID porque ele vai criar um Texture Set para cada Material ID, ferrando o esquema.
A única forma que encontrei para resolver isso, fuçando sozinho, foi aplicar as cores através do Vertex Color, porque o SP reconhece estas cores e dai não preciso do Material ID.
Deste jeito consigo importar o objeto com apenas um Set de Textura e gerar o Color ID com o Bake de Vertex Color.
Abração e tudo de bom.
André Vieira