Essa estrutura de 'bones' da imagem (a primeira imagem) parece um export (talvez equivocado) entre um sistema e outro... Por exemplo, o que está ocorrendo com o rig da imagem é que o sistema aí em particular (ou alguma questão de import ou export) transformou links (ou qualquer outro tipo de vinculação) em bones...
O que não é coisa impertinente, embora possa sim vir a chatear as vezes... Acho q ví acontecer essa 'transição' (da engine transformar links em bones) no OGRE, na Unity e na UE4...
Originalmente, um bone é qualquer objeto, pode até ser um helper ou um editable poly sem nenhum vertice, mas esse objeto tem um pivot q tem os transforms (posição, rotação e escala)... foi no 3ds 3 ou 4 eu acho, q fizeram essa questão de bones e tal, pela primeira vez q eu ví (era aquela época do Vistapro, e daquele primeiro filme do Mortal Kombat...) Então, o 'bone', pras engines, é uma linha entre um ponto e outro (entre um pivot (de um 'bone') e o proximo (pivot, do proximo 'bone') hierarquicamente inferior), e que (caso não seja o ultimo link) tem os transforms herdados... era um arquivo demo q vinha com o 3ds, e tinha meio q varias coisas parecidas com piramides (eram os 'bones' XD), alinhadas horizontalmente, e se vc renderizasse elas ficavam como se fosse um fio grosso e tal (era uma demo do sistema 'physique', q foi o precursor do sistema 'skin' e tal, etc..)... Mas na época reinava o morph XDD (o morph (interpolar linearmente às posições dos vertices) veio um pouco antes e foi usado naquele filme "Terminator 2"... naquela cena q o T1000 surge do chão e tal, e tbm qdo ele fura a cara do sujeito...), e pessoal pra fazer personagem 3d tinha q fazer como se fosse bonecos (com articulações e tal, q nem aqueles bonecos G-I-Joe ou dos Cavaleiros do Zodiaco e tal) ...
Ah é, mas, coisas q eu poderia pontuar aí é que, primeiramente, é bastante pertinente a questão do nomeamento dos bones/links, principalmente pra uma questão de intermeio entre um programa e outro (por exemplo, vc criar a animação num programa e querer exportar pra outro, etc..), e tbm, caso for lidar com questões de motion capture.. e, inclusive, como a maioria dos motion-capture que se faz são de pessoas se movimentando e tal, e as pessoas geralmente não vão ter ossos que se esticam e tal, vc pode simplesmente fazer um script q pegue o transform da ROTAÇÃO (giro, ou etc..) pra todos os bones, e passar esses transforms pros bones do seu programa e tal...
Mas é eu até perdi o fio da meada e tal, como se diz... xd...
@edit: Mas n sei pq vc diz q eu sou bom de rig... Eu mesmo acho q eu sou bom de modelagem, chato porem eficaz no mapeamento, e mediano no rig.. eu acho q eu faço umas animaçõezinhas até legais, mas a questão da animação mesmo, qdo o rig tá bom, fica bastante facilitada e tal, quase uma coisa infantil e acho bom ter essa questão infantil pra animar (no caso, em se fazendo bem o rig e tal), pra animar os parametros do rig, q vão gerar a animação de fato e tal etc.... realmente, qdo vc tem um rig bom, e isso é coisa q dá pra fazer tanto no 3ds qto direto nas engines, a gestão e gerencia das animações fica bastante facilitada... (inclusive vc controlar coisas por controladores.. por exemplo vc ter um botão sensivel a pressão e velocidade, pra fazer o olho do personagem piscar, etc...)...
Acho que, talvez tudo que eu tenha conseguido, no sentido do rigging, foi por uma compreensão infantil de muitas coisas... Por exemplo, embora eu trocasse piadas com a minha professora de matemática no colegial, eu sempre tirava notas ruins... Foi só muito tempo depois que eu aprendí a gerar um valor 'senoide' variavel com o "tempo" e tal, acho q com uma pagina de help do 3dsMax da autodesk msm, e vendo o efeito da formula na animação, e tbm ouvindo varias poesias antigas pra me inspirar, eu fiz aquele script de orbitas e tal, pq se fazendo só com links tinha varias limitações... Depois até usei esses conceitos da trigonometria pra fazer sistemas de mira (pro personagem(jogador) mirar) e sistemas de mira automatica (pro personagem mirar no inimigo mais proximo, etc..), acho q a professora de matematica daria bastante risada... xd..
Ah é né.. olha só como q eu fiz pra aprender a Verdade do Rig XD..
A Beleza está entre a Ética e a Razão!..